As Primeira (80 times) e a Segunda (40 times) Fases serão disputadas em partida única.
Na primeira, o visitante terá a vantagem do empate. Na segunda, em caso de igualdade, pênaltis.

A partir da Terceira Fase (32 times) serão jogos de ida e volta. Não há gol qualificado. Em caso de empate em pontos e gols, pênaltis.

Na Terceira Fase, entram os clubes da clubes da Copa Libertadores (Flamengo, Internacional, Atlético-MG, São Paulo, Fluminense, Grêmio, Palmeiras e Santos), assim como os campeões da Série B (Chapecoense), Copa do Nordeste (Ceará) e Copa Verde (Brasiliense). Para preencher as 12 vagas foi usado como critério de acesso o Campeonato Brasileiro da Série A (Athletico).

O campeão da Copa do Brasil terá vaga na fase de grupos da Copa Libertadores de 2022.